Episode 1 : From Ground to Space
Le Gattaca quitte Scorpia et échappe à la flotte cylon. Gabriel Sanders, un n°2, monte à bord et rencontre Sai, l'intelligence artificielle du bord.
Episode 2 : Phoenix Burning
Le Gattaca découvre une flotte civile en détresse. A bord d'un vaisseau, Gabriel Sanders arrête une n°8 du nom de Sloane avant d'être abattu par l'un de ses suivant. Au bord de la mort, il a une vision du passé qui change tout...
Episode 3 : Zodiac
Le Battlestar Zodiac et son escorte rejoignent le Gattaca. Son capitaine, le lieutenant-colonel Aden, demande l'aide du Gattaca pour enquêter sur une série de morts suspectes. Aden se révèle être un agent dormant cylon...
Episode 4 : Archon
La flotte se rend à l'Ancrage de Ragnar dans l'espoir d'y retrouver le Battlestar Galactica, sans succès. Le commandant Clayton confie à Sanders, Aden, Sloane et à une vingtaine d'hommes une mission quasi impossible : capturer le Battlestar Archon, le prototype de la dernière classe de Battlestar. La mission réussit malgré de grandes difficultés.
Episode 5 : Fear and revenge
Le commandant Clayton peine à prendre une décision à propos de la trahison de Gabriel, jusqu'à ce que le cylon Nathan, un n°2 qui s'est joint à la flotte, tombe dans le coma par la faute de Sai. Gabriel et Aden doivent faire face à ce que signifie être un cylon dans une flotte humaine après l'holocauste...